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    从gb文件中提取基因与间隔区的序列(fasta文件)

    放大字体  缩小字体 发布日期:2024-11-14 11:21:23   浏览次数:13  发布人:48f0****  IP:124.223.189***  评论:0
    导读

    脚本:get_annotated_regions_from_gb.py 作用:将gb文件(氨基酸序列)转化为gene与intergene两个fasta文件(碱基序列)。 特性:该脚本可以对包含多物种叶绿体的gb文件进行提取(例如从ncbi批量下载得到的gb),gb文件中的所有叶绿体都会被执行相同的gene与intergene提取作业。 python get_annotated_regions_fr

    脚本:get_annotated_regions_from_gb.py
    作用:将gb文件(氨基酸序列)转化为gene与intergene两个fasta文件(碱基序列)。
    特性:该脚本可以对包含多物种叶绿体的gb文件进行提取(例如从ncbi批量下载得到的gb),gb文件中的所有叶绿体都会被执行相同的gene与intergene提取作业。

    python get_annotated_regions_from_gb.py NC_047400.gb NC_047400.gb NC_047400.gb \ -o legume.cds -t CDS --mix


    Gene sequence




    Intergene sequence




    多物种基因提取


    参考资料:
    How to assemble a target organelle genome using my own reference?

     
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